Le MS exerce la tutelle sur 10 établissements autonomes :
• L’Institut National de Recherche en Santé Publique (INRSP) ;
• Le Centre Hospitalier National (CHN) ;
• L’hôpital Cheikh Zayed de Nouakchott (HCZ) ;
• Le Centre Neuro - Psychiatrique (CNP) ;
• Le Centre National d’Orthopédie et de Réadaptation Fonctionnelle (CNORF) ;
• L’Ecole Nationale de Santé Publique  (ENSP);
• La Centrale d’Achat des Médicaments, Matériels Essentiels et Consommables (CAMEC) ;
• Le Centre National de Transfusion Sanguine (CNTS);
• Le Centre Hospitalier de Nouadhibou (CHNDB);
• Le Centre Hospitalier de Kiffa (CHK)